FFTWとGromacsをSnow Leopardに入れてみた
流れ流れてGromacs*1に触ることになったので、手元のMacにもインストール。特別メモをするほどのことでもないですが、記録として。
まず、先だって、必要なFFTW*2をインストール。せっかくなので最新版の3.2.2を落としてきます。例のごとく解凍して./configureっと・・・？
気分で--enable-openmpしたら、なにやらOpenMPを有効にする方法がわからないと宣うております。そりゃあ、あんたgcc*3だから-fopenmpに決まってるじゃないかと突っ込みを入れつつ、スクリプトを見ても当然候補として調べているわけでして、Google先生にきいてみるも良い解答は得られず。眺めるとコンパイルオプションを格納する変数を用意し、ごにょごにょ処理をして、そいつがunknownのままだったらエラー、何か入っていたらそいつにする、という処理のようだったので、強引に判定直前にその変数を-fopenmpに書き換えることで対処（ぉぃ。あとは何事もなくインストールが完了したので、これでいいとしましょう。でも動作テストしてませんが・・・。
あと、double版とfloat版に関して。FFTWはデフォルトでdouble版ができるので、floatで使う場合には--enable-floatする必要があります。両方使いたいのが人情というものですが、巷の解説を見ると、--enable-type-prefixしろと書いてあります。しかしこれはFFTW2での話のようで、やってみるとunrecognized optionとかいって怒られました。ではどうすればいいのかですが、どうやら何もしなくていいようです。同様のオプションを見落としていただけの可能性もありますが、普通に--enable-floatオプション有りと無しでconfigure、make、make installすると、libfftw3、libfftw3fというのができており、後者がgccなら-lfftw3fとして使うfloat版のようです。
さて、本題のGromacsですが、これは何事もなくインストールできました。ただ、例によってテストは行っていません。テストと本体のバージョンが違うというのもありますが、まあ本格的にいじるのは春以降なので、不具合が出たらその時に修復すればいいやというのが一番の理由だったり。
最後に、だいぶ前になりますが、雪が積もったときの写真を1枚。
