aptで入れたGromacsは遅い?

前にもちょろっと出てきたかもしれないGromacs。Ubuntuの10.04だと最新の4.0.7がapt-get一発で入るので、ずぼらしてそっちをちまちまいじっていたのですが、改めてtarballを落としてきてmakeしたら、50%以上の速度向上。手元でコンパイルすると最適化でこんなに違うのね・・・
ついでにMPIバージョンも作りましたが、MDというのはやはり並列化しやすい計算らしく、何も考えずにmpirunしただけであっさりと速くなってくれました。4coreまで使ってみましたが、この程度ではアムダールさんの出番ではないようです。load imbalanceがどうこうとか出てたので、オプション次第ではもう少しだけ速くなるのかもですが。
ついでに補足ですが、Gromacs側はMPIにLAMを推奨していたような気がしますが、手元ではMPICH2だけうまく動作しました。触らぬ神になんとやらで、素直にMPICH2を使うことに。

mpirun.mpich2 -np 4 mdrun_mpi hogehoge...